Kahramanmaraşlı Necip Fazıl Kısakürek'in oğlu olan Mehmet Kısakürek, 1943 yılında İstanbul'da doğdu. Babası Necip Fazıl Kısakürek, o yıl Büyük Doğu Dergisi'ni yayınlamaya başladı. Mehmet Kısakürek'in çocukluk yılları, babasının zaman zaman hapiste olduğu bir döneme denk geldi; bu nedenle ikisi pek fazla zaman birlikte geçiremedi. Mehmet Kısakürek, Haydarpaşa Lisesi'nden mezun oldu.

Babasının 1983 yılında vefat etmesinden sonra, Mehmet Kısakürek, onun en büyük mirası olan Büyük Doğu Yayınevi'ni aktif bir şekilde yönetti. Babasının gün yüzüne çıkmamış eserlerini yayınlamak gibi önemli bir görevi üstlendi. Aynı zamanda, Büyük Doğu Yayınları'nın sahibi olarak çalıştı ve Necip Fazıl Kısakürek Kültür ve Araştırma Vakfı Mütevelli Heyeti Başkanlığı'nı yürüttü.

Mehmet Kısakürek, Ankara Üniversitesi Eğitim Bilimleri Fakültesi Eğitim Programları Bölümü Başkanı olarak görev yaptı. Aynı üniversitenin Avrupa Birliği Eğitim Programları ve Avrupa Kredi Transfer Sistemi (ECTS) Kurumsal Koordinatörlüğü ve ECTS/DS Türk Danışmanı olarak da görev aldı. Ayrıca, evli ve 2 çocuk babasıdır.