İşte o cinayetlerden bazıları:
Özdemir Sabancı: İş adamı Özdemir Sabancı, 9 Ocak 1996'da DHKP-C militanları Fahriye Erdal, İsmail Akkol ve Mustafa Duyar tarafından öldürülürken, esas katilleri FETÖ tarafından saklandı. Sabancı dosyası, Ergenekon, Hrant Dink ve 17-25 Aralık darbe girişimini organize eden firari savcı Muammer Akkaş tarafından dosya üç yıl boyunca bekletildi.
Cevzet Soysal: 9 Kasım 1998'de kaybolan ve cesedi hâlâ bulunamayan Cevzet Soysal, FETÖ'nün ilk cinayetlerinden. FETÖ'nün Hizbullah mensubu olduğu iddia edilen Cevzet Soysal'ı hedef almasının sebebi, örgütün kumpaslarından Ergenekon operasyonları için yol açmaktı.
Gaffar Okkan: Diyarbakır Emniyet Müdürü iken 2001'de öldürülen Ali Gaffar Okkan'ı kimlerin öldürdüğü hâlâ ortaya çıkmadı. PKK üyeliğinden yakalanan Yıldırım Begler ve Abdülkadir Aygan, Okkan suikastının Diyarbakır 8. Ana Jet Üssü'nde görevli subaylarca gerçekleştirildiğini itiraf etti.
Danıştay saldırısı: FETÖ elebaşı Gülen'in yeğeni Kemalettin Gülen tarafından kışkırtılan Alparslan Arslan 17 Mayıs 2006 tarihinde Danıştay'ı basarak bir üyeyi öldürerek dördünü ise yaralamıştı.
Dink cinayeti: FETÖ'nün Emniyet ve Jandarma elemanları, Agos Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Hrant Dink cinayetine aktif rol oynadı. 2007 yılında Ogün Samast tarafından öldürülen Dink cinayeti, FETÖ tarafından ulusalcı ve milliyetçi kesimlere yıkılmaya çalışılarak Ergenekon operasyonlarına zemin hazırlamayı hedeflendi.
Muhsin Yazıcıoğlu: BBP Genel Başkanı Muhsin Yazıcıoğlu'nun içinde bulunduğu helikopter, 25 Mart 2009 tarihinde düşmüştü. Yazıcıoğlu'nun helikopter kazasından 5 gün sonra 30 Mart 2009'da FETÖ'nün elebaşı Gülen, örgüte ait internet sitesinde ‘Alperen ve Liyakat' başlıklı yaptığı konuşmada suikastı itiraf etmişti.
Haydar Meriç: FETÖ elebaşı ve ilişkileriyle ilgili kitap yazma hazırlığındayken 31 Mayıs 2011 yılında kaçırılan Haydar Meriç'in cesedi 18 Haziran 2011'de elleri ve ayakları domuz bağıyla bağlanmış şekilde denizde bulunmuştu.